尖锐湿疣是一种增生性疾病，去除肉眼可见的疣体并不困难，而且有效的方法亦较多，目前治疗存在的最大难题是易复发，其次巨大尖锐湿疣和肛门尿道口、宫颈口尖锐湿疣的治疗亦有一定难度。
 
难点之一：巨大型尖锐湿疣
    临床上巨大型尖锐湿疣多是由于失治或误治发展而成，治疗上有一定的难度。一般情况下巨大型尖锐湿疣的基底部均会较狭窄或形成蒂状，所以治疗前一定要弄清疣体基底部的位置和大小。在治疗方法上，一般主张在局麻下先把外生性的巨大疣体用手术方法切除掉，然后基底部用CO2激光治疗，去除残留的疣体和受感染皮损。如果基底部较宽，可考虑清理修整创面后缝合伤口。

 
难点之二：肛门、尿道口、宫颈口尖锐湿疣
  发生在肛门、尿道口、宫颈口这些管道外口部位的尖锐湿疣治疗后极易复发，且易形成管道口的粘连和狭窄而影响正常功能。所以对这些部位尖锐湿疣的治疗常感到十分棘手，若治疗不彻底，有残留的病损常在短时间里很快复发；若点药或冷冻、CO2激光治疗过度，又常会引起局部的粘连和狭窄。临床实践中，应根据具体情况采取相应方法达到既彻底清除疣体又不形成粘连和狭窄的目的。肛门的尖锐湿疣可借助肛窥查看并清除肛管直肠部位疣体；尿道口的尖锐湿疣可借助小儿鼻窥镜或尿道镜查看并清除尿道前端的疣体；宫颈口的尖锐湿疣可借助于阴道镜进行检查。在治疗方法上，肛门、肛管内的尖锐湿疣可用CO2激光治疗或用点涂剂治疗；尿道口的尖锐湿疣在用CO2激光治疗时应注意不要损伤尿道口括约肌和防止术后尿道口粘边狭窄。可用中药如紫草、大黄、地榆、野菊花、百部、黄精、五倍子煎水外洗或浸泡肛门和尿道口。

 
难点之三：妊娠期尖锐湿疣
    怀孕期间患尖锐湿疣由于受性激素水平和免疫力功能影响，疣体比正常人易增大增多。治疗方法应根据妊娠不同阶段，疣体不同部位和疣体大小而定。一般妊娠早期（3个月内）的尖锐湿疣尽量不用损伤大、毒性大的药物和方法治疗，可采用具有清热解毒燥湿的中药大黄、黄柏、苍术等煎水泡洗控制疣体的发展。妊娠中后期发生在外阴部位的尖锐湿疣可考虑用CO2激光治疗。妊娠后期疣体若较多或疣体长在阴道内和宫颈口，为避免治疗的疤痕影响分娩和感染婴儿，可考虑用中医中药控制疣体发展，分娩时采用剖腹手术，待产后再对原有疣体进行治疗。